一些啤酒釀造商選擇二次發酵。這通常會使成品看起來更干凈，味道也更干凈。在二次發酵中，在最初的劇烈發酵停止后，將發酵麥汁轉移到第二個容器中。原因是，一旦發酵開始減慢，酵母就會隨著大量的蛋白質塊狀物（沉淀物）沉淀下來，如果仍在發酵的麥汁與之接觸，就會產生令人不快的酵母特性和異味。在剩余的調理時間內，將啤酒轉移到一個干凈的二級發酵罐中，這樣可以產生額外的沉淀，并有時間讓年輕啤酒中的風味成熟。